Gli indirizzi di studio dei licei Classico e Scientifico dell'istituto sono caratterizzati dalle seguenti caratteristiche:
- la classe è unica, composta dalle alunne e dagli alunni che frequentano l'uno o l'altro indirizzo, per le materie comuni ad entrambi i percorsi di studi. Durante le lezioni delle materie caratterizzanti la classe si suddivide per poter seguire le ore di studio delle discipline del proprio indirizzo.
- in conformità con l'autonomia scolastica (Nota prot. 721 del 22 giugno 2006 e D.M. 47 del 13 giugno 2006), l'istituto Gian Matteo Giberti ha scelto di aggiungere tre ore settimanali nel piano di studi del biennio di entrambi gli indirizzi inserendo un'ora settimanale di Storia della musica e portando a cinque le ore settimanali dello studio della lingua inglese. Nel triennio del liceo scientifico viene inserita un'ora aggiuntiva per lo studio della Storia.
Nel triennio è previsto l’insegnamento, in lingua straniera, di una disciplina non linguistica (CLIL) compresa nell’area delle attività e degli insegnamenti obbligatori per tutti gli studenti o nell’area degli insegnamenti attivabili dalle istituzioni scolastiche nei limiti del contingente di organico ad esse annualmente assegnato.
LICEO CLASSICO
| I Liceo | II Liceo | III Liceo | IV Liceo | V Liceo | |
| LINGUA E LETTERATURA ITALIANA | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 |
| LINGUA E CULTURA LATINA | 5 | 5 | 4 | 4 | 4 |
| LINGUA E CULTURA GRECA | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 |
| LINGUA E CULTURA STRANIERA | 5 | 5 | 3 | 3 | 3 |
| STORIA DELL'ARTE | - | - | 2 | 2 | 2 |
| STORIA E GEOGRAFIA | 3 | 3 | - | - | - |
| STORIA | - | - | 3 | 3 | 3 |
| FILOSOFIA | - | - | 3 | 3 | 3 |
| MATEMATICA | 3 | 3 | 2 | 2 | 2 |
| FISICA | - | - | 2 | 2 | 2 |
| SCIENZE | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 |
| EDUCAZIONE FISICA | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 |
| STORIA DELLA MUSICA | 1 | 1 | - | - | - |
| RELIGIONE | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| totale ore | 30 | 30 | 31 | 31 | 31 |
LICEO SCIENTIFICO
| I Liceo | II Liceo | III Liceo | IV Liceo | V Liceo | |
| LINGUA E LETTERATURA ITALIANA | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 |
| LINGUA E CULTURA LATINA | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 |
| LINGUA E CULTURA STRANIERA | 5 | 5 | 3 | 3 | 3 |
| STORIA E GEOGRAFIA | 3 | 3 | - | - | - |
| STORIA | - | - | 3 | 3 | 3 |
| FILOSOFIA | - | - | 3 | 3 | 3 |
| MATEMATICA | 5 | 5 | 4 | 4 | 4 |
| FISICA | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 |
| SCIENZE | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 |
| DISEGNO E STORIA DELL'ARTE | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 |
| EDUCAZIONE FISICA | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 |
| STORIA DELLA MUSICA | 1 | 1 | - | - | - |
| RELIGIONE | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| totale ore | 30 | 30 | 31 | 31 | 31 |